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轉發(fā)院外學術報告通知：喻輝輝研究員《微外顯子---植物基因組中的“小強”》

作者：院科技處來源：CGM基因組沙龍日期：2023-11-21

嘉賓簡介：

喻輝輝，中國科學院昆明植物研究所研究員，種質創(chuàng)新與分子育種人才組組長，主要從事生物信息和分子育種研究工作。2011年博士畢業(yè)于華中農業(yè)大學作物遺傳改良國家重點實驗室，畢業(yè)后先后在中國種子生命科學技術中心（現(xiàn)屬于先正達集團中國）擔任基因組育種部經理，美國內布拉斯加大學生物信息學博士后，美國妙佑醫(yī)療國際（Mayo Clinic）高級生物信息科學家。在Nature Communications、Genome Biology、New Phytologist、Molecular Plant、Plant Biotechnology Journal等發(fā)表學術論文30多篇，擁有授權發(fā)明專利40多項，植物新品種權20多項，獲省部級科研成果獎項3項，并開發(fā)了多款生物信息分析軟件（https://github.com/yuhuihui2011）。

內容摘要：

在真核生物中，mRNA的剪接是基因表達和調控的重要步驟。外顯子（exon）和內含子（intron）的剪接缺陷會產生功能改變的甚至失去功能的蛋白質，經常會導致疾病。長度≤51 個核苷酸 (nt)的外顯子，通常被稱為微外顯子（microexon）。我們開發(fā)了精準鑒定植物微外顯子的方法，利用從公共數(shù)據(jù)庫中下載的10個代表性植物物種中的990份RNA-seq 數(shù)據(jù)進行研究，發(fā)現(xiàn)植物基因組中廣泛存在非常小的植物微外顯子（≤15-nt，甚至小到只有1-nt）。這些植物基因組中的“小強”——微外顯子，在進化過程中相對保守，但在基因組注釋和轉錄組研究過程中常常被忽略，從而導致對應蛋白質功能錯誤（水稻和玉米中的微外顯子錯誤注釋率高達80%）。我們全面系統(tǒng)地分析發(fā)現(xiàn)，植物微外顯子具有特殊的剪接模式，在基因功能、系統(tǒng)進化中具有重要作用。基于這些發(fā)現(xiàn)，我們還開發(fā)了不依賴于轉錄組數(shù)據(jù)的植物微外顯子預測方法MEPmodeler，顯著提高了基因組注釋的準確性。